История происходит через два года после выхода первого фильма. На этот раз Индиана (Харрисон Форд) разыскивает самую таинственную реликвию в истории человечества — Святой Грааль. В этом археологу помогает его отец — профессор Джонс старший (Шон Коннери). Теперь под бдительным оком своего отца и при помощи своих верных талисманов, неизменной шляпы и хлыста, Индиане предстоит совершить много благородных подвигов и потрясающих открытий. В новых странствиях храброму археологу доведется добыть чашу, которую держал в руках Иисус Христос и получить автограф самого Адольфа Гитлера.

Дворецкий в замке Брюнвальд произносил свою последнюю фразу по-разному: он называл Джесса Оуэнса, Мэй Уэст, и только потом было решено, что самым доступным будет вариант с Микки Маусом. В фильм попал дубль с Джессом Оуэнсом, поэтому звук речи дворецкого немного не совпадает с движением его губ. Забавно, но в комикс-адаптации от Marvel остался всё-таки Оуэнс.
Вырубив дворецкого, Инди и Эльза прячут его тело в как раз кстати обнаруженном саркофаге.
Эпизод с женщиной-режиссёром на параде, снимающей Адольфа Гитлера, был сокращён за ненадобностью.
Получив дневник назад, Индиана оглушает офицера и одевает на себя его длинный плащ.
Пока нацисты сторожили одну очередь за билетами на дирижабль, Инди прошёл незамеченным в другой очереди.
Подвыпивший пилот на дирижабле рассказывал истории, эта сцена перемешалась с разговором Инди и Генри. После того, как Джонсы сбежали, угнав аэроплан, этот пилот вместе с одним нацистом пытались догнать их на другом аэроплане и погибли по нелепой причине, забыв завести двигатель. Пьянство до добра не доводит.